За версією обвинувачення, Володимир Агафонов як голова ПАТ «Реал Банку» олігарха Сергія Курченка щонайменше з 2011 року вибудував структуру злочинної організації з поділом на так звані "департаменти", кожен з яких займався певним напрямком діяльності злочинної організації. Одним із таких напрямків було створення та придбання ряду компаній з метою прикриття злочинів та незаконної діяльності, надання їй видимості законності. До вказаного об`єднання підприємств, більшість з яких мали ознаки фіктивності, увійшли близько 300 підприємств.

Згідно з текстом вироку, Агафонов причетний до заволодінні 4,7 млрд грн «Реал Банку», 800 млн грн Нацбанку, а також 865 млн грн коштів «Брокбізнесбанку», які були розміщені на рахунку «Реал Банку» Курченка та пізніше виведені на рахунки підконтрольних йому осіб. На момент ухвалення вироку Агафонов переховувався та оголошений в розшук.