За версією обвинувачення, впродовж жовтня-листопада 2021 року керівник Центрального відділку держпідприємства «Долідне господарство «Елітне» Юрій Малишенко змовився з в.о. директора держпідприємства, а також представниками ТОВ «Завод біодобрив «Тривко» та ТОВ «Каспій Агро». Разом вони нібито організували схему розкрадання 16,7 мільйона гривень держпідприємства.

Як йдеться в матеріалах справи, посадовці підписували фіктивні договори на постачання органічних добрив. Самі ж добрива або не постачалися, або ж їх використання фіксувалося у документах заднім числом. Гроші держпідприємства переводили на рахунки фірм-партнерів, після чого готівкою передавали невстановленим особам.

У жовтні 2021 року з рахунку держпідприємства на рахунки ТОВ «Завод біодобрив Тривко» перерахували 7,38 мільйона гривень, в листопаді того ж року зробили ще один переказ на  8,64 мільйона гривень за постачання органічних добрив. У фальшивих документах йшлось про те, що добрива нібито розподілили на десятки гектарів полів у Кіровоградській області. Суд встановив, що в актах виконаних робіт містилися неправдиві відомості, зокрема  зазначалися обсяги добрив, яких фактично не було, та площі, на яких вони не вносилися. За даними прокуратури, Малишенко особисто підписував документи, які підтверджували нібито виконані роботи, і сприяв легалізації схеми.

Обвинувачений уклав угоду з прокурором, відповідно до якої погодився визнати свою провину, надати правдиві та детальні показання щодо причетності та ролі інших осіб у заволодінні грошовими коштами.