Володимир Омелян у грудні 2017 року, перебуваючи на посаді Міністра інфраструктури України, видав Наказ № 474 «Про зниження ставок портових зборів», за яким всі портові збори, крім маякового, було знижено на 20%. Водночас один із цих зборів був дохідною частиною державного бюджету. Тому змінити його розмір могла тільки Верховна Рада України, а не Міністр. Прокуратура вважала, що нібито внаслідок цих дій держбюджет у 2018 році недоотримав 30,4 млн грн.

На суді Омелян свою вину не визнав і вказав, що жодного злочину не вчиняв, а кримінальне провадження має політичний характер. За його словами, видання Наказу було здійснено в передбаченому законом порядку і на виконання рішення Кабінету Міністрів України з метою підвищення інвестиційного клімату в державі та покращення економічних показників у сфері морського транспорту.

Суд вказав, що Омелян діяв у межах своїх повноважень, не мав умислу на зниження надходжень бюджету й ніяк не міг передбачати суму, на яку знизяться надходження до бюджету. Та й узагалі не міг передбачити, чи вони знизяться. Адже обсяг надходжень бюджету від адміністративного портового збору залежить не тільки й не стільки від розміру його ставки, скільки від кількості заходів суден, пасажиро- та вантажопотоку. Тому саме по собі зниження ставок портових зборів не є головною (необхідною) причиною зменшення надходжень бюджету. Також суд вирішив, що зниження бюджетних надходжень у цьому випадку не суперечило закону, а Кабінет Міністрів своєю постанову зобов’язав Мінінфраструктури разом з іншими державними органами вжити заходів щодо зниження ставок портових зборів.