за версією обвинувачення, заступниця начальника філії з комерційних питань Центру транспортної логістики «Укрзалізниці» Лілія Петренко, директор департаменту комерційної роботи Укрзалізниці Юрій Меркулов і заступник генерального директора «Укрзалізниці» Петро Науменко вступили в злочинну змову, унаслідок якої Укрзалізниця недоотримала близько 10 млн дол. США доходу. На початку 2014 року обвинувачені, які були членами Тарифної комісії, свідомо, умисно та необґрунтовано встановили пільгові тарифи на транзитні вантажні перевезення для ТОВ «ЕУ-ТРАНС», ТОВ «УТЕК», «ОРЛОНДЕР ЛІМІТЕД», замовниками яких вони виступали у 2013 році, при чому ті не виконували гарантовані обсяги таких перевезень. 

Перша й апеляційна інстанції ВАКС виправдали обвинувачених, не побачивши в їх діях складу злочину. Однак згодом Верховний Суд повернув справу на новий апеляційний розгляд, під час якого було скасовано виправдувальний вирок і ухвалено новий обвинувальний вирок. 

Судді апеляції ВАКС під час нового розгляду встановили, що жодних розрахунків про можливе падіння обсягів транзитних вантажних перевезень у 2014 році у випадку не застосування пільг членам Тарифної Комісії не надавалися. Про такі прогнози ніхто не доповідав, зазначене питання на засіданнях не обговорювали. Крім того, колегія суддів узагалі зазначила, що наданням пільг на перевезені раніше вантажі неможливо зберегти обсяги перевезень у наступні періоди. Тільки створенням замовнику сприятливіших економічних умов у період користування послугою або в майбутньому можна досягти ефективного результату господарської діяльності, а не зниженням вартості наданих раніше послуг. 

Відхилила колегія суддів і заперечення сторони захисту про те, що обвинувачені не мали вирішального голосу на засіданні Тарифної Комісії, оскільки рішення ухвалює 2/3 членів, які голосували одностайно. Судді вказали, що вчинення злочину обвинуваченими полягає не в голосуванні за рішення Тарифною Комісією, оскільки рішення Тарифної Комісії вводиться в дію наказом Укрзалізниці, і тільки після того воно набирає сили нормативного документа, є обов’язковим для розрахунків між Укрзалізницею та замовниками перевезень. 

Без підготовки очолюваного Лілією Петренко «УТЛЦ» проєкту й обґрунтування необхідності його ухвалення в Тарифної Комісії не було б підстав ухвалити рішення про застосування пільгових коефіцієнтів і пільгових тарифних ставок до здійснених у минулому вантажних перевезень.  

Без очолюваного Юрієм Меркулов Головного комерційного управління та підготовки ним проєкту наказу з необхідними документами заступник генерального директора Укрзалізниці Петро Науменко  не мав би підстав ввести в дію рішення Тарифної комісії.  

Без введення в дію рішення Тарифної комісії наказом заступника генерального директора Укрзалізниці Петра Науменка  до замовників не могли бути застосовані пільги, і вони сплатили б за здійснені перевезення за базовими тарифами. 

Тому колегія суддів відхилила доводи захисту про те, що обвинувачені не утворювали більшості в Тарифній Комісії, не мали вирішального впливу на ухвалення нею рішення, не могли самостійно застосувати пільги до вантажних перевезень. Навпаки, члени Тарифної комісії, без повноважень, якими були наділені обвинувачені в силу займаних посад, не могли змінити умови вантажних перевезень і застосувати до них пільги, навіть за умови ухвалення відповідного рішення. Заперечення хоча б одного з указаних підрозділів, їх керівників або заступника генерального директора Укрзалізниці ускладнювало або взагалі унеможливлювало застосування Укрзалізницею пільг до раніше здійснених вантажних перевезень.